Территория нынешнего Баганского (до 1963 года – Андреевского) района входила в Купинскую волость и в начале XX века заселялась переселенцами из Украины, Белоруссии, центральных областей России. В период с августа 1919 года по сентябрь 1924 года территория района входила в Андреевскую волость Татарского уезда Омской губернии.
Название Баган появляется с момента постройки железной дороги Татарск – Славгород в 1914 году и основанием станции на 171 км этой дороги. В течение 1912-1914 годов проводилось строительство казармы, а в 1914 году завершилась постройка приказарменных и привокзальных сооружений. Работами по организации строительства занималось купечество силами наёмных крестьян из ближайших сёл и деревень. С 1 мая 1916 года ремонтным рабочим станции принят Михаил Игнатьевич Трубников.
В 1917 году образовалось село Баган. Привлекла людей проходящая в этом месте железная дорога, которая строилась по государственному проекту. Первыми жителями стали Терентий Зенков, Лука и Герасим Каменевы, Трофим Мыцыков, Фёдор Петрушан. Было построено 6 избушек из самана, а к 1918 году было выстроено 25 саманных домов.
В 1924 году в селе организована трудовая артель и открыта первая начальная школа на территории нынешнего спорткомплекса.
В 1927 году была построена нефтебаза.
К 1929 году сооружён элеватор, который и в настоящее время является крупнейшим предприятием в райцентре. В этом же году организовано хозяйство, которое позже стало именоваться сельскохозяйственная артель «Путь заря». Хозяйство располагалось на территории современной улицы Крупской, где к 1935 году проживало 55 семей.
В 1934 году в селе появились первые постройки за железной дорогой. Эту часть посёлка за её избушки-пластянки народ окрестил «Копаем».
В 1935 году вышел первый номер газеты «Сталинский путь». С 1960 года - «Коллективный организатор». А с 1965 года - «Степная нива».
В 1936 году организована машинно-тракторная станция.
С 1936 года впервые в записях актов о рождении наименование «Бюро актов гражданского состояния Андреевского района Управления НКВД по Западно-Сибирскому краю народного комиссариата внутренних дел СССР» зафиксировано печатью указанного органа.
В 1939 году организован райпищепромкомбинат, построено саманное здание 7-летней школы.
В 1941 году начал действовать быткомбинат, в ведении которого находились швейный, столярный, сапоговаляльный цеха.
В 1942 году функционировал Баганский маслозавод Андреевского раймаслопрома.
В 1944 году в Багане была открыта средняя школа. Её директором стала Аверина Клавдия Михайловна.
В октябре 1946 года центр Андреевского района перенесён в село Баган.
В 1947 году началась застройка улицы Ленина. Первыми жителями улицы были Шатохин Василий Филиппович и Черепов Захар Иванович.
В 1948 году в селе организован врачебный участок, открылась пекарня. К этому времени основной жилой массив, и производственные постройки расположены в восточной части от железной дороги. В селе Баган работают: комбинат бытового обслуживания со швейным, сапоговаляльным, деревообрабатывающим цехами; комбинат коммунальных предприятий и благоустройства; лесомелиоративная станция; «Сельхозтехника»; ПМК-671 «Новосибоблсельстрой»; автотранспортное предприятие; база «Райпо»; кустовой хлебоприёмный пункт; ветлечебница; заготконтора.
В 1949 году начато строительство кинотеатра на улице Школьной. С 1973 года в этом здании разместилась центральная районная библиотека.
В 1952 году началось строительство двухэтажного здания средней школы на 9 классных комнат.
В 1953 году в нём начались занятия, но полностью здание в эксплуатацию было сдано зимой 1955.
До 1953 года село Баган застраивается одноэтажными саманными и камышитовыми домами с соломенными крышами. Административные и культурно-бытовые учреждения располагались в таких же домах.
В 1953 году был открыт новый корпус районной больницы на 50 коек, в котором разместились роддом, терапевтическое, хирургическое, гинекологическое и детское отделения.
В 1959 году открылся детский сад на 25 мест, а в 1991 состоялось торжественное открытие нового здания детского сада «Солнышко» на 140 мест.
В 1963 году по решению Совета Министров РСФСР создана Северо-Кулундинская опытная станция по изучению и освоению засолённых земель Кулундинской зоны Западной Сибири на базе четырёх отделений Баганского совхоза. Основной задачей станции является разработка технологии мелиорации солонцов и системы земледелия на солонцовых почвах. На опытно-производственное хозяйство возложено производство семян высших репродукций зерновых культур и однолетних трав. На юго-восточной окраине села Багана разместилась центральная усадьба опытной станции и опытно-производственного хозяйства. Там же разместилась зональная агрохимлаборатория. Производственный участок расположен в восточной части райцентра.
В 1965 году Баганский район выделился из Карасукского и Купинского районов, что потребовало укрупнения кадрового состава и материально-технической базы сельскохозяйственного производства, началось интенсивное строительство.
В 1965 году создан районный узел связи.
В 1966 году открылась Баганская детская музыкальная школа.
В 1966 году в селе Баган размещается 50 промышленных предприятий и учреждений, в которых работает 1570 рабочих и 815 служащих. Построено 1075 жилых домов, сеть культурно-бытовых учреждений: кинотеатр на 200 мест, 2 клуба на 150 мест, 2 бани на 35 мест, 2-ое детских яслей на 130 мест, 2 детских сада на 180 мест, быткомбинат на 60 мест, районный узел связи, библиотека, амбулатория, райбольница, средняя, восьмилетняя и начальная школы, аптека, 12 магазинов, 2 столовых.
В 1967 году численность населения в Багане составила 4455 человек. В этом же году райцентр был подключён к государственной высоковольтной линии электропередач, почти во все дворы жителей подведён летний водопровод, на многих улицах установлены зимние колонки.
В 1970 году введены в эксплуатацию первые двухэтажные дома, появились первые заасфальтированные улицы.
В 1971 году состоялось торжественное открытие нового здания трехэтажной средней школы.
В 1971 году образовалась автобусная колонна.
В 1973 году введено в эксплуатацию двухэтажное здание районного Дома культуры.
В 1976 году состоялось торжественное открытие детского сада «Колокольчик».
В 1978 году открылась Спортивная школа.
В 1979 г. был построен спортивный зал.
В 1980 году введёны в эксплуатацию крытый легкоатлетический манеж, хоккейная коробка и стадион, где прошли VI областные летние спортивные игры.
В 1979 году в райцентре введены в эксплуатацию лечебный корпус районной больницы и здание поликлиники.
В 1981 году состоялось торжественное открытие районного Дворца пионеров; детского сада «Теремок»; началось оформление первых залов музея, а в 1983 состоялось его торжественное открытие.
К 90-м годам построен ряд двух и трёхэтажных жилых домов, зданий учреждений и новых улиц.
В 2016 году в селе состоялось значимое по своей исторической важности событие - открылся православный храм в честь святых мучеников Бориса и Глеба.
В настоящее время село Баган является административным и культурным центром района.