Совет депутатов, как форма представительной власти, в районе первоначально был образован 25 мая 1925 года и назывался Андреевский районный Совет рабочих, крестьянских и красноармейских депутатов Славгородского округа Сибирского края. Далее местные органы народовластия неоднократно меняли свое название, полномочия, но суть их деятельности оставалась прежней – служение народу, защита прав и интересов населения. С 2004 года территориальный Совет был переименован в Совет депутатов.
Действующий Совет избран в 2020 году, в него вошли 25 депутатов. Председатель Совета депутатов Баганского района Новосибирской области четвертого созыва – Александр Николаевич Синица. В числе депутатов: руководители, работники сельскохозяйственных предприятий, учреждений образования и культуры. Срок полномочий – 5 лет.
В Совете депутатов сформировано 5 постоянных депутатских комиссий:
- Комиссия по бюджету, налоговой, финансово-кредитной политике и экономике (председатель комиссии – Геккель Д.И.);
- Комиссия по социальным вопросам (председатель комиссии – Капля В.В.);
- Комиссия по землепользованию, экологии, строительству, благоустройству и ЖКХ (председатель комиссии – Морозов С.А.);
- Комиссия по соблюдению правопорядка, работе с общественными организациями и развитию местного самоуправления (председатель комиссии – Устяхин О.А.);
- Комиссия по вопросам этики депутатов (председатель комиссии – Белоконева К.Н.).
Основной задачей комиссий является предварительное рассмотрение и подготовка вопросов, относящихся к компетенции Совета, а также содействие депутатам, органам и должностным лицам местного самоуправления, муниципальным организациям в их работе по осуществлению решений Совета депутатов, федеральных законов, законов Новосибирской области и иных нормативных правовых актов.
Депутаты представительного органа много внимания уделяют работе с избирателями на участках, проводят приемы и встречи, принимают меры по решению возникающих проблем. Активно участвуют в политической и общественной жизни района, а так же в мероприятиях организованных администрацией района, администрацией области.